Suite aux événements de l'incident de Shadow Moses , Meryl a changé : elle s'est portée volontaire pour des opérations top secrètes, où les chances de survie étaient inférieures à 10 %, afin de tenter de mieux comprendre Snake. Effrayé à l'idée de voir sa fille blessée, le Colonel Campbell l'a transférée aux Nations Unies. Au début de la "Mission", Meryl se trouve à bord de l'avion de reconnaissance Angel-One, mandaté par les Forces pour le Maintien de la Paix de l'ONU (les Casques Bleus). Il survole l'espace aérien de la République de Basra, quand, soudain, l'appareil est attaqué par des missiles anti-aériens. Le pilote parvient à éviter le premier grâce à un leurre, mais le second fait mouche. L'avion disparaît des écrans-radar. Mais son équipage est sain et sauf : leurs nanomachines émettent encore des signaux qui permettront de les localiser. Enfin, presque...
Le trio est bloqué sur place à cause du co-pilote dont la cheville est cassée. Se trouvant à 5 km du point de récupération, Meryl préfère partir en éclaireur et laisser le pilote et son subordonné la suivre. Malheureusement, elle les perd de vue. Elle réussit ensuite à entrer en contact radio avec Snake. Les retrouvailles ne sont pas des plus chaleureuses, mais Meryl communique la situation à Snake. Ce dernier lui ordonne d'aller au point de récupération, mais Mlle Silverburgh n'en fait qu'à sa tête et préfère rester sur place pour sécuriser la zone. Soudain, elle est "coupée" à cause d'une tempête de sable. Puis, elle reprend le contact radio : elle veut se rendre au buggy, caché sous un ravin...
A ce moment précis, elle est attaquée par l'ennemi. Au lieu de se suivre les conseils de Snake et de se retirer, elle décide de contre-attaquer avec son fameux Desert Eagle et une grenade, avant d'être blessée à la jambe droite. A court de munitions (elle a perdu ses chargeurs durant la tempête), elle se jette dans un combat au couteau. Snake arrive à la retrouver et la critique sur son attitude puérile. Meryl se venge ensuite sur Allen, qu'elle considère ne pas être capable d'entrer à FOX-HOUND. Par la suite, alors que nos héros foncent vers l'hélicoptère de Campbell sous le feu ennemi, elle est à nouveau touchée à la jambe. Elle demande à Allen de l'abandonner, mais ce dernier refuse, et se met à la porter. Une fois dans l'appareil, elle se met à culpabiliser parce qu'Allen s'est fait toucher. Elle se mettra à hurler à sa mort...